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matplotlibのかなり古いバージョンから標準では半径軸の原点は中心にあった。

いつの頃からか、

ax.set_rorigin(-2.5)

で半径軸の原点を外側にずらすことができるようになっている。

例があった（ページ中段のScatter plot on polar axis, with offset origin）。

中心から埋まらない表示は結構使うと思うが、なかなか難しい。上で参照している例では

ax.set_rorigin(-2.5)
ax.set_theta_zero_location('W', offset=10)

の後は普通にplt.plot()でも良い？

WinPythonでPyInstallerを使用したところファイルサイズが大きくなった。

相当余計なモジュールも含んでいるようだ。

specファイルにパッケージに含めないファイルを書けばいいのだろうがかなり面倒。

WinPython Zeroで必要なものだけインストールしてみるのでも良い。
(20180908追記: pyinstallerについてばバージョンが上がって少し改善がはいっている)