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puttygenで生成した秘密鍵ファイルはopensshと互換性がない。
昨日これを知らずにかなり苦慮した。

メニューバーからExport OpenSSH keyを選択して互換性のあるキーを生成しないとうまく使用できない。

ただし、Puttyはかなりよく使われるソフトであるためWindows用のソフトの場合にはputtygenで生成したファイルをそのまま使用できる場合も多い。